Die Geschichte der cranio-sacralen Therapie geht bis zum Anfang des 20. Jahrhunderts zurück, als der osteopathische Arzt Sutherland die Idee hatte, dass die Schädelknochen ihre bestimmte Form haben, weil sie in den Schädelnähten beweglich sein müssten. Mit dieser, der Schulmedizin widersprechenden Theorie, entwickelte er das Konzept der cranialen Osteopathie.
1970 beobachtete Dr. John Upledger die rhythmischen Bewegungen des cranio-sacralen Systems während einer Operation. Er begann die Existenz des cranio-sacralen Systems zu beweisen und die Behandlungstechniken zu verfeinern.
Ausgehend von ihrem Ursprungsland USA wird die cranio-sacrale Therapie nun auch in Europa gelehrt und angewandt und findet weltweit zunehmend Verbreitung.